Die älteste, nur durch Steinbeilfunde bekannte Bauernsiedlung der Jungsteinzeit (Neolithikum, 5.500-4.300 vor Chr.) befand sich im Bereich des Klostergartens. Siedlungsfunde der Bemaltkeramischen Kultur (Lengyel, 5000-4300 vor Chr.) kamen in der Ried "Ochsenstand" zutage. Bei den Ausgrabungen in dieser Ried wurde ein ausgedehntes Gräberfeld mit 135 Bestattungen aufgeschlossen, dessen Belegung von der späten Urnenfelderzeit (900-750 vor Chr.) über die Hallstattzeit (750-450 vor Chr.) bis in die Frühlatènezeit (450-300 vor Chr.) dauerte.
Die überwiegenden hallstättischen Brandgräber sind überreich mit Gefäßbeigaben ausgestattet. Besonders auffallend ist ein Kindergrab mit Keramikspielzeug, das aus Miniaturgefäßen, Rasseln in Birnen- und Vogelform, Rädern von Spielzeugwägelchen, Tierfigürchen von Hirsch, Pferd, Rind, Hund und Gans oder Ente besteht. Aus der Hallstattzeit stammt auch eine mit figuralen Darstellungen auf der Innenseite verzierte Schale.
Unter den latènezeitlichen Körpergräbern ist ein reiches Kriegergrab mit Eisenlanzenspitze, Eisenmesser, Fibel, Ring und Tongeschirr bemerkenswert.
Die bedeutendste Fundstelle der Römerzeit (Chr. Geb.-400 nach Chr.) liegt in den "Kreinäckern". Hier befand sich ein römischer Gutshof (villa rustica) mit einem Friedhof, der Urnen-, Aschenkisten-, Sarkophag- und Steinplattengräber enthielt.

Namensgebend für den Ort war Loreto, ca. 20 km südöstlich von Ancona an der italienischen Adriaküste, wo seit Ende des 13. Jahrhunderts ein kleines Gebäude aus Sandstein und Ziegeln stand, welches zum Zentrum der Marienverehrung geworden war. In diesem italienischen Wallfahrtsort begann im 17. Jahrhundert auch die Geschichte des Klosters und des Ortes Loretto im Burgenland.

Der Inhaber der Herrschaft Hornstein, Freiherr Hans Rudolf von Stotzingen, hatte von einer Italienreise eine Kopie des Gnadenbildes von Loreto mitgebracht, die zunächst in dessen Schloss in Seibersdorf aufgestellt war. 1644 wurde diese Marienstatue in eine neu errichtete Nachbildung des Heiligen Hauses an der Stelle der von den Türken 1529 zerstörten Johanneskapelle in Loretto übertragen. Bald danach (1645) ließ Rudolf von Stotzingen ein "Hospitium" für die Serviten errichten, die er zur Betreuung der zu Tausenden zählenden Wallfahrer berief. Um die Kapelle herum entstand nun eine typische Kirchensiedlung. Die neuen Siedler waren zum Großteil Krämer, die sich zunächst mit dem Verkauf von Devotionalien und der Beherbergung von Wallfahrern ihr Brot verdienten. Das Schicksal der Wallfahrtsstätte und die Entwicklung der Wallfahrten bestimmten auch das Schicksal der Ortsbewohner. Bald gelangte der Wallfahrtsort zu großer Berühmtheit.

Mitten in der Zeit des Aufbaues forderte Graf Franz Nádasdy das Erbe der Herrschaft Hornstein, zu der Loretto gehörte, ein. Im Zuge der Rückgliederungen der Grenzherrschaften an Ungarn wurde der bisherige Grundherr durch Nádasdy finanziell abgefunden (1648). Der nunmehrige Grundherr erbaute von 1651-59 in Loretto eine große Kirche und ein geräumiges Kloster für die Serviten. Die Wallfahrt erhielt dadurch einen noch rascheren Auftrieb, und es siedelten sich nunmehr auch Handwerker in größerer Zahl an.

Ursprünglich befand sich die neu gegründete Siedlung auf dem Gemeindegebiet von Leithaprodersdorf, wurde dann zum Territorium der neu erstandenen Gemeinde Stotzing geschlagen und erhielt später ein eigenes kleines Gemeindegebiet.

1666 verschaffte Graf Nádasdy der Siedlung das Marktrecht. Außerdem wurde im Ort eine Druckerei errichtet, die Gebetsdrucke, Beichtzettel und Wallfahrtsflugblätter herstellte.
Schlimmes Unheil brachte das Türkenjahr 1683 für den Markt. Als die Türken Loretto erreicht hatten, steckten sie den Ort gleich an vier Stellen in Brand, auch die Kirche wurde schwer in Mitleidenschaft gezogen. Die Bewohner und auch die Serviten mussten fliehen. Kloster, Kirche und teilweise auch die Wohnhäuser blieben längere Zeit Ruinen. Erst um 1699 wurden Kirche und Kloster wieder aufgebaut.
Einen neuen Aufschwung erlebte der Markt, nachdem Fürst Paul Esterházy die Herrschaft Hornstein und damit auch "oppidum Lauretum" erworben hatte. Allerdings musste die neue Esterházysche Besitzung zunächst die Brandschatzung durch die Kuruzzen (1705) hinnehmen.
In der Zeit der Aufklärung unter Kaiser Joseph II. wurden die Bruderschaften in Loretto verboten und die Wallfahrten stark eingeschränkt. 1787 wurde das Servitenkloster aufgelöst und stand mehr als ein Jahrzehnt leer, bis es zur Zeit der Franzosenkriege als Militärspital eingerichtet wurde. Im Jahr 1806 wurde es, nachdem Fürst Nikolaus Esterházy die in Wimpassing, Stotzing und Loretto gelegenen unbeweglichen Kirchengüter käuflich an sich gebracht hatte, als Zentralwolldepot der gesamten fürstlichen Herrschaft bestimmt. Beginn des 20. Jahrhunderts diente das Gebäude als Besserungsanstalt und während des Ersten Weltkrieges wurde es wiederum als Militärspital adaptiert.
Der Erste Weltkrieg forderte 16 Opfer. Nach Kriegsende wurde im Juli 1919 wie in allen Orten ein kommunistischer Arbeiter- und Bauernrat eingerichtet. In der Anschlussfrage des Ortes an Österreich bezog die Gemeinde 1920 eindeutig Stellung zu Deutschösterreich.
Der Zweite Weltkrieg forderte 17 Opfer innerhalb der Gemeinde. Der Ort wurde ohne Kampfhandlungen von den Russen besetzt. Ein Teil der Bewohner war vor der Invasion nach Westen geflohen, kehrte jedoch nach etwa zwei Monaten wieder zurück. In der Folge konnte der Wiederaufbau des bekannten Gnadenortes in Angriff genommen werden.

Ab 1971 bildeten die drei Ortsteile Leithaprodersdorf, Loretto und Stotzing die Großgemeinde Leithaprodersdorf. Mit den Bestrebungen auf Unabhängigkeit wurde der Ort im Jahr 1990 wieder selbständig.

Unter Bürgermeister Felix Kozar wurde Loretto im Jahr 1992 zur kleinsten Marktgemeinde Österreichs erhoben, außerdem fand in diesem Jahr die Verleihung eines eigenen Gemeindewappens statt. Seit der Selbständigkeit lagen die Arbeitsschwerpunkte im Ausbau und der Verbesserung der Infrastruktur. Großartige Leistungen wurden getätigt, die sich sehen lassen können. Der Bürgermeister mit seinem Team hat mit beispiellosem persönlichen Einsatz und viel Liebe zu seiner Gemeinde gezeigt, dass man auch mit bescheidenen Mitteln ein Dorf zum Schmuckstück machen kann.
Vorrangig waren die Ortskanalisation und die Errichtung eines neuen Brunnens für die Trinkwasserversorgung. Fast alle Straßen wurden asphaltiert und die Ortsbeleuchtung ausgebaut. Das Gemeindehaus wurde renoviert und teilweise erneuert - ein bauliches Juwel. Großzügig und den heutigen Anforderungen entsprechend ist das Feuerwehrhaus mit einem Mehrzwecksaal. Dadurch wurde für alle örtlichen Vereine die Möglichkeit geschaffen, ihre Zusammenkünfte und Veranstaltungen in einer zeitgemäßen Umgebung abzuhalten. Mit der Gestaltung eines Biotops inmitten einer wunderschönen Parkanlage wurde ein weiterer Beitrag im Bezug auf Lebensqualität geleistet. Seit Jänner 1999 besitzt Loretto in den Räumlichkeiten des Gemeindehauses auch ein eigenes, modern ausgestattes Standesamt. Ebenso erfolgte eine aufwendige Restaurierung der Basilika und des Klosters.